主要是分类不同和特点不同。
1、分类不同。奇蹄目是哺乳动物下的一个目，因趾数多为单数而得名。偶蹄目也作鲸偶蹄目，是哺乳动物的一个大型分支。陆生种类四足各有四趾或二趾，趾甲极度特化，呈角质蹄。因每足的蹄甲数为偶数(四或二)故称偶蹄目。
2、特点不同。原始奇蹄动物的脚趾是前四后三，现生的奇蹄动物貘就是这样的脚趾结构。奇蹄目成员胃简单，不具备偶蹄目部分成员那样多的胃室，但盲肠大而呈囊状可协助消化植物纤维。偶蹄目源自5000万年前，始新世的踝节目，演化至今已成为哺乳类中最繁盛的家族之一。现存300余种，可分4个亚目：胼足亚目、猪形亚目、反刍亚目、鲸河马亚目。
偶蹄目和奇蹄目主要的区别就是蹄的数目不同，偶蹄目多为双数，第三、四趾同等发育，共同来支撑体重，门齿通常平齐，偶蹄动物部分成员胃室多，可能有两个或者两个以上的胃，而且盲肠一般短而小；如猪、骆驼、河马等生活中不可缺少的兽类。正是因为这一特征，所以，偶蹄目类的兽类具有非凡的跳跃能力，偶蹄目动物也是人类的主要蛋白质来源。
可以用动物的蹄趾来区别。动物的蹄趾是偶数的就是偶蹄目，如猪、牛、羊。动物蹄趾是奇数的就是奇蹄目，如马、犀牛、貘。奇蹄目动物的种类少于偶蹄目的动物种类。
