偶蹄目和奇蹄目主要的区别就是蹄的数目不同，偶蹄目多为双数，第三、四趾同等发育，共同来支撑体重，门齿通常平齐。
而奇蹄目主要以第三指发达承重，其余各趾退化或消失，趾端有蹄，只有一个胃，且胃内结构比较简单。
1、分类不同
奇蹄目是哺乳动物下的一个目，因趾数多为单数而得名。偶蹄目也作?鲸偶蹄目，是哺乳动物的一个大型分支。陆生种类四足各有四趾或二趾，趾甲极度特化，呈角质蹄。因每足的蹄甲数为偶数（四或二）故称偶蹄目。
2、特点不同
原始奇蹄动物的脚趾是前四后三，现生的奇蹄动物貘就是这样的脚趾结构。奇蹄目成员胃简单，不具备偶蹄目部分成员那样多的胃室，但盲肠大而呈囊状可协助消化植物纤维。
偶蹄目源自5000万年前?始新世的踝节目，演化至今已成为哺乳类中最繁盛的家族之一。现存300余种，可分4个亚目：胼足亚目（骆驼和羊驼类）、猪形亚目（猪和西猯）、反刍亚目（牛、羊、鹿?等）、鲸河马亚目（鲸豚类与河马）。
3、价值不同
奇蹄目除有科学研究的价值外，在动物园展出中亦占重要地位。某些野生马类还可与同类的家畜杂交，供改良育种的科学实验用。各国已采取措施，积极保护这类珍稀动物。
