1、地理位置区别：秦岭，指西起昆仑，中经陇南、陕南，东至鄂豫皖—大别山以及蚌埠附近的张八岭；而大巴山系指绵延在四川、甘肃、陕西、湖北四省边境山地的总称，是四川盆地和汉中盆地的界山。
2、气候特点区别：秦岭成为亚热带与暖温带的分界线。秦岭以南河流不冻，植被以常绿阔叶林为主，土壤多酸性。秦岭以北为著名黄土高原，1月平均气温在0℃以下，河流冻结，植物以落叶阔叶树为主，土壤富钙质。而大巴山是中国中亚热带气候和北亚热带气候的分界线，大部分地区属北亚热带气候。大巴山也是四川盆地北部的天然屏障，阻滞或削弱了冬半年北方冷空气的南侵，对四川冬暖春早气候的形成影响重大。
首先位置上的区别，大巴山位于中国西部，陕西、四川、湖北三省交界处，秦岭位于陕西省的南部，指渭河与汉江之间的山地。
其次分界线的区别，大巴山是嘉陵江与汉江的分水岭，四川盆地与汉中盆地的分界线；秦岭是我国南北的分界线，黄河和长江的分水岭。
最后是海拔高度的区别，大巴山最高峰无名峰3053米，秦岭最高峰太白山3771米。
