上海海事大学有交通管理（国航）专业、交通运输专业和交通工程专业。这三个专业同属交通运输学院，交通管理（国航）专业偏向远洋运输业务，是培养高级航运管理人才的，学生毕业后到航运公司和港口企业上班，拿的是管理学学士，属于国家特色专业、国家一流本科专业，是海事的王牌老专业，录取分数线历年都名列前茅，每年都有一批其他专业的学生转入。
交通运输和交通工程在大类招生省份中是一起的，大一进来一起学，大二之后分流，拿的都是工学学位，都是国家一流本科专业，区别在于交通运输是偏向水运管理的，主要是港口管理，以前是水运管理专业，也是老牌的。交通管理和交通运输都是非常体现海事特色的专业。
交通工程是公路运输，这个专业建设得相对晚一些，也是国家一流本科专业，以及通过工程认证的专业。它和我们国家的其他交通强校是很接轨的，不过没有那么体现海事的海上特色。
