顺序如下：
玛机雅娜：位于卡那兹市。
洁咪：位于百花林
胡帕：被遗弃的海船
席多蓝恩：位于火焰队基地
美洛耶塔：位于水静市
咔璞·哞哞：位于狩猎区
咔璞·鳍鳍：位于狩猎区
咔璞·蝶蝶：位于狩猎区
咔璞·鸣鸣：位于狩猎区
土地云：位于狩猎区
龙卷云：位于124号航道
雷电云：位于125号航道
属性·空：位于绿岭市地下室
比克提尼：位于琉璃市
玛纳霏：位于深海
虚吾伊德：位于特殊地带
雷吉克洛：位于沙漠遗迹
雷吉艾斯：位于小岛横穴
雷吉斯奇鲁：位于古代坟墓
裂空座：位于天空之柱
由克希：位于心之洞穴
艾母多利：位于心之洞穴
亚克诺姆：位于心之洞穴
首先是三神柱的捕捉 队伍中携带古空棘鱼和吼鲸王后，从134号水道通过潜水抵达布告石室，阅读完尽头是石碑，根据上面的盲文再次使用潜水，言语之厅的门就会打开。进入言语之厅后，接着阅读石碑，得知要使用挖地洞，使用之后关键之厅的门就会打开。 把队伍中的吼鲸王排在队首，古空棘鱼排在队尾，关键之厅有七个石碑，分别按照左上、右上、左、右、左下、右下、上的顺序阅读完石碑后，沙漠遗迹、小岛横穴和古代坟墓的入口会随之开启。 来到111号道路的沙漠中沙漠遗迹内，主角要按照←←↓↓行走之后使用岩石粉碎，之后遗迹内的大门就会打开，雷吉洛克会出现在里面。 来到105号水道的小岛横穴内，主角要从石碑开始沿着墙壁行走一周，之后遗迹内的大门就会打开，雷吉艾斯会出现在里面。 来到120号道路的古代坟墓内，主角要站在遗迹最中央使用闪光，之后遗迹内的大门就会打开，雷吉斯奇鲁会出现在里面。 然后是拉帝亚斯和拉帝欧斯 绿宝石单机情况下，只能获得一只，就是二周目一开始选择的那个颜色。 最后是三只超古代神奇宝贝 二周目开始之后，盖欧卡和固拉多将分别栖息在海之窟和陆之窟，可以从天气研究所得知天气异常的地点，以确定海之窟和陆之窟出现的地点。 而烈空坐从一周目（打完第八个道馆之后）开始就出现在天空之柱顶层 基拉祈 和 代欧奇希斯 单机均无法获得。
