最后生还者讲述的是一个末日世界下为了生存而挣扎的故事。
故事发生在"波士顿隔离区"，20年前这里曾发生过一次"真菌爆发"，毁灭了所有的现代文明，政府迅速封闭了整个城市以防真菌传播到外界，不过依然有幸存者在其中继续生活。后来，由于这种真菌的泄露和扩散，这种隔离失去了意义，整个美国人口密集的城市均遭真菌感染。
玩家扮演着中年男性乔尔，为了完成“火萤”组织首领玛琳的托付而带着14岁少女艾莉一同踏出由军队保护的疫情隔离区，穿越化为废墟丛林的大都会。面对病毒感染变种人类与其他幸存者集团威胁，展开了一场改变两人一生的深刻旅程。
最后的生还者讲述了在一个病毒肆虐之后的美国，被病毒感染的人都变成了可怕的怪物。
游戏主角是一个个性冷漠的走私贩大叔乔尔（Joel）和一个勇敢早熟的14岁小女孩艾莉（Ellie），乔尔为了换回武器答应将小女孩儿艾莉送到指定地点，由此开始了两人穿越美国的漫漫旅程。
