电影中有许多不合事实之处。
这样的例子还有很多：
1.漆思弓这个人物貌似没有；
2.孔子在夹谷会盟中，过程不如电影里简单，先是破四方之乐，再是揭穿小丑把戏的阴谋，最后与齐国争辩，夺回齐国侵犯鲁国的土地，并没有电影中双方对垒之戏。鲁国国君也带了大司马，准备了军事力量。
3.颜回不是掉进水中为救书而死，而是在回到鲁国后死于营养不良。
4.子路死于孔子逝世前一年，那时孔子已经回到鲁国。
5.孔子并不是回到鲁国就退居家中修书，还是参加过政事，只是与季氏思想不符，被冷落后才修书。
6.孔子死于病榻之上。
……
其实影片中多处不合事实，
是因为这是电影的一种表达手法，
更改一定的剧情，
更利于作者表达自己的思想感情
电影孔子的错误如下:
错误1 孔子儿子的名字都写错
对于电影中的错误，鲍鹏山表示最不可原谅的就是，连孔子儿子的名字都写错。“孔子的儿子叫孔鲤，电影里他第一次出场的时候竟然打成了‘孔锂’。之所以叫‘鲤’那是因为这个儿子出生的时候鲁昭公送了一条大鲤鱼祝贺。我相信电影里是笔误，但是这种笔误简直是不可原谅的。电影出来总有审片的吧，可是竟然所有主创都没有看出来，这个太让人失望了。”
错误2 孔子怎会直呼弟子“子路”呢？
如果说孔鲤的名字被打错可以用“粗心”来解释的话，另一个错误则让鲍鹏山对编剧的水平产生了质疑。“《论语》里面出现子路、子贡是对的，但是电影里孔子怎么会直呼自己的弟子‘子路’、‘子贡’呢？称呼别人的字，这是对同辈的称呼方法。但是孔子是长辈，喊弟子一定是直呼其名的。《论语》中孔子称子路，都是叫他的名字‘由’（子路姓仲名由，字子路或季路）称子贡也直呼其名曰赐。（子贡姓端木名赐，字子贡。）放在古代，学生被老师直呼字，学生敢应吗？何况孔子及其弟子是这么讲规矩礼仪的人。这是基本的文化常识啊，编剧怎么连这点常识都没有。”
错误3 南子没被谋杀
除此之外，鲍鹏山还指出，片中孔子两大弟子子路、颜回以及卫国南子的死都不符合历史的记载。片中，子路是在卫国战死的，之后颜回在回鲁国的路上为了跳入冰水救孔子的书而死。两人虽然死得都很浪漫，可是鲍鹏山说：“子路和颜回其实都是在孔子回鲁国之后死的。而且颜回是病死的，根本没有电影里死得那么悲惨。子路的确死在战场上，但是时间也不对。”
死得最离谱的是周迅饰演的南子，影片中，在孔子离开卫国时，南子在内乱中被谋杀致死。“历史上的确卫国的太子蒯聩想要谋杀南子，但是并没有成功，反而因为意图谋杀南子未遂而逃出卫国。南子并没有被谋杀，可是电影里就这么把她搞死了，这些基本事实根本没有必要篡改啊。”
错误4 于丹的话成孔子思想？
细数《孔子》片中的硬伤，鲍鹏山几乎滔滔不绝。有两处错误在他看来也是很严重的，就是把本不是孔子的思想强加在了孔子身上。片中，孔子两次说到“言必信，行必果”，可是根据鲍鹏山多年的研究，这样的说法，孔子并不赞同。“这句话的确出现在《论语》中，但是孔子自己并不赞成。孔子一生最反对四个字，一个‘必’就是其中之一，这个字把事情推到极端，这并不是孔子所赞成的。”
