能够杀灭细菌芽孢的化学消毒剂,是高效消毒剂,如含氯消毒剂(84消毒液、二氯异氰尿酸钠、三氯异氰尿酸等)、过氧乙酸、环氧乙烷等。之所以要以杀灭芽孢为标准，是因为芽孢增加了特殊结构：荚膜、鞭毛、菌毛对外界不良环境的抵抗力，使细菌在恶劣的环境中得以长期保持活性。
如果灭菌不彻底，芽孢适宜条件下就能还原成细菌。
按化学消毒剂对微生物杀灭作用强弱，可分为高效消毒剂，即能杀灭包括细菌芽孢、真菌孢子在内的各种微生物，因而又称为灭菌剂。灭菌剂可杀灭一切微生物使其达到灭菌要求，包括甲醛、戊二醛、环氧乙烷、过氧乙酸、过氧化氢、二氧化氯、氯气、硫酸铜、生石灰、乙醇、等。
灭菌剂自身带有的活性化学基团与微生物接触后发生化学反应导致微生物功能性结构（蛋白质、DNA及细胞膜等）损坏，使其丧失生命活动，从而达到杀灭微生物目的（包括芽孢、孢子）。
