结局是耀翔成为著名的摄影家，又来到希腊拍片子。而晓彤当年没有接受耀翔的照顾，也来到了希腊。再次来到希腊的晓彤在教堂里仿佛看到了恩祈，恩祈帮晓彤将柏拉图的永恒带在了手上，两人在教堂中许下爱的誓言，相互拥抱 。
按照早已出版的《情定爱琴海》小说上的写法，最终结局是苏有朋牺牲了自己的生命成全了何润东与蔡琳，制作单位特意为《情定爱琴海》拍好了三个不同版本的结局，小说里只写出一个结局，第二个结局是苏有朋和蔡琳饱受波折但终成眷属，第三个结局是蔡琳孤苦一生，苏有朋和何润东都没有得到蔡琳。
就目前情况而言，绝大部分的网友和观众是倾向蔡琳选择和苏有朋结合，但制作单位表示结尾戏到底播出哪个版本要在播出前才能做出决定。
情定爱琴海的结局：恩祈死于精神失常的怡倩之手；耀翔得到恩祈捐献的心脏从死亡中拯救回来，继续他的摄影事业并成为著名的摄影师；晓彤决定终身不嫁，与心中的恩祈永伴到老。最后的结局是（这不是我们期盼的结局）在爱琴海，在耀翔与晓彤最初相伴游历的地方，两人再次错过。（他们的人生轨迹就象 工 一样，只有另一人才能把他们联系起来，而彼此间却没有焦点，造化弄人啊
