成本偏高。设备成本方面，液氮速冻设备与传统冷冻设备价格相差不大，主要是液氮的采购成本。资源配套不足。采用液氮速冻设备需要在加工产区周围配套有相应的空分厂提供氮气，但是现在我国各地的空分厂分布极其不均匀，很难大范围推广。
整体协调运作问题。液氮速冻设备最早用于生物医药的冷冻，进入水产加工行业后，需要不断的调整和改进，才能适应水产品加工的环境和技术要求。
目前，液氮式速冻设备在国内水产品、面食、蔬菜、肉类等的食品加工领域都有应用，用户使用过程中所需的液氮很容易购买，成本也不高。极速制冷公司就客户最关心的成本问题就普通的速冻机做了比较。
每小时1吨产能的传统式压缩机设备和液氮式速冻机做出的对比实验显示：传统式压缩机冻结设备1吨产能国产机组功率170kW、进口机组功率200kW以上，加工1吨产品的成本在350元左右;液氮式速冻机1吨产能设备功率4。
5kW，加工一吨产品消耗一吨液氮，成本在700元左右。表面上看液氮式速冻机成本稍微高一点，如果加上冻结时间的差距，设备维护成本等的综合计算，那么使用液氮式速冻机更有优势。
