《超时空同居》的结局是：陆鸣和谷小焦最终在时空交错的情况下，选择了各自回到自己的时空，但是他们约定在未来的某个时间再次相见。
在电影结尾处，陆鸣回到了自己的时空，但是他一直在寻找谷小焦的消息。最终，他在电视上看到了谷小焦成为了一名成功的女企业家，并且在一次演讲中提到了他。
陆鸣感到非常欣慰，他知道自己和谷小焦的缘分没有断，他们会在未来的某个时刻再次相见。整个电影以温馨感人的方式结束，让观众感到温暖和希望。
电影《超时空同居》的结局中，陀螺停止了转动，而女主角谷小焦在这个时空消失了，这就说明陆鸣和谷小焦的时空穿越之旅已经结束了，而在2018年出现的陆石屹也消失不见了。就像陆鸣说的那样，陀螺旋转的时候，所有的美好都会停留，但是停止之后，所有将会各就各位，酸甜苦辣都得尝试
陆鸣救了谷小焦的爸爸，改变了自己的命运，所以可以看到在2018年的陆石屹消失了，谷小焦由于间接的被改变了命运，他的父亲没有死，所以2018年的谷小焦也就不存在了，但1999年的陆鸣记得所有的事情，所以可以看到在国外两人再次相遇，而谷小焦（还骂陆鸣:我怎么到哪都能遇到你这个变态）却不认识陆鸣，因为认识陆鸣的谷小焦已经消失了。
陆鸣为了追到谷小焦，一直在等谷小焦长大成人，在暗中默默地守护者谷小焦。
