最好的办法就是用测试剂测量一下氨和亚硝酸盐的浓度，接近0就是建立好了。通常在开缸的时候，要将硝化细菌放入水中或细菌盒中，再放入一点有机物后，关灯爆氧一段时间，硝化系统就可以自己建立起来。过程中水会先变浑浊，之后再变得清澈。
最科学的方法是在正常喂食的情况下持续检测氨氮，亚硝酸盐，硝酸盐含量。氨氮在0.02ppm以下，亚硝酸盐在0.2ppm以下，NO3稳定提升，说明硝化系统的亚硝化、
硝化系统正常运行，其能力和饲养方式匹配。就说明建立成功了。另外如果是海水系统，还需要关注反硝化
刚加入硝化菌的前两天水体会呈现出灰白色，然后逐渐清澈。从表象来判断，由白浊变澄清，消化系统算初步建立。不通过人为添加硝化菌，建立一个稳定的硝化系统，可能需要半个月到一个月。人为添加硝化菌可以缩短这个过程。
