秦淮河，古名龙藏浦，汉代起称淮水。相传秦始皇东巡会稽过秣陵，以此地有“王气”，下令在今南京市区东南的方山、石硊山一带，凿晰连岗，导龙藏浦北入长江以破之，到唐代，根据这一传说，改称秦淮。
东汉时，秦淮河河面宽阔，号称“小江”。清同治《上江两县志》载：“石头城吴筑也。六朝以来，江流在下，涛水入城，前史屡载。自南唐后江水益西，洲渚蒙密。今日石城门，北抵下关安流一水，非复汹涌之势矣。”1958年前，秦淮河主流除从三汊河入长江外，尚有支流南河在大胜关入长江，北河在北河口及小三汊河入长江。1958年修筑堤防时，北河入江口被封；20世纪70年代末开挖秦淮新河时，南河也被切断。秦淮新河增加了秦淮河在胜利村的入江口。1999年，秦淮河干流河面宽90米～200米，河底高程0米～4米。
