对海洋生态系统的破坏主要表现在：（
1）渔业捕捞过度和海水养殖管理不善。海洋捕捞产量的迅速增加是机动渔船大量增加的结果。但是，逐年增长的捕捞力量主要集中在近海渔场，造成近海渔业资源开发利用过度。过度的开发利用导致优质鱼类资源严重衰退，渔获物中主要经济鱼类所占比例逐年减少，个体也趋向小型化、低龄化，低质小杂鱼所占比例逐年增加。
有些地区的海水养殖业管理不善，出现了污染海洋生态环境的倾向，如养殖过程中产生的废水造成海水有机物污染和富营养化；大量采捕饵料生物，使部分滩涂贝类大量减少，破坏了正常的食物链；等等。
（2）滩涂围垦和填海造陆夺走了大片海洋生境。沿海滩涂大量围垦和人工填海造陆等，不仅使许多海洋动物失去了大面积的栖息地、产卵地、育苗场、索饵场
比如向海洋里排泄工业废水倾倒生活垃圾。
