主要区别如下：
1. 地理位置：杭州东站位于浙江省杭州市上城区全福桥路 2 号，而余杭高铁站位于浙江省杭州市临平区迎宾路。两站之间的距离大约相差 12.76 公里。
2. 联系方式：杭州东站的车站联系方式为：(0571)56730953,(0571)56730952；余杭高铁站的车站联系方式为：(0571)56735810。
3. 班次情况：杭州东站高铁班次有 584 个，动车班次有 109 个，城际班次有 6 个。而余杭高铁站的班次信息暂无收录，具体班次较少。
4. 附近交通：杭州东站附近有地铁 1 号线和 4 号线，交通便利。余杭高铁站附近有地铁 1 号线，交通也相对便捷。
总之，杭州东站和余杭高铁站虽然都位于杭州市，但它们在地理位置、联系方式和班次情况等方面存在一定差异。
杭州火车站有4个，分别是杭州城站火车站、杭州东站、余杭站、杭州南站。
1、杭州火车站，又被杭州人称为城站杭州站现为上海铁路局直属的客货一等站；
2、杭州东站和上海虹桥站的设计规模相当，并列为全国最大的枢纽站点， 杭州东站是宁杭高铁、杭甬高铁、沪杭高铁、杭长高铁、杭黄高铁的始发终到站，是亚洲最大的铁路枢纽站点之一；
3、余杭火车站，是沪杭客运专线上新建的一个高铁站；
4、杭州南站原名萧山站，位于杭州市萧山区，现为一等站，改造完成后为特等站，是杭州钱塘江南岸唯一一座客运火车站。
杭州东站在江干区是杭州的两大铁路枢纽之一，杭州东站高铁、快客都有，余杭高铁站只是普通的高铁小站。
