，巨齿鲨的灭绝发生在约260万年前。研究推测，正是当时的一场超新星爆发辐射到地球大量μ介子，导致了巨齿鲨等巨型海洋动物的灭绝。
“生物体越大，吸收的辐射越多，造成的伤害也越大。”梅洛特解释说，“据估算，一场超新星爆发产生的射线，可以使与人类体型相当的动物癌症发病率上升约50%。”
在学术界，有关巨齿鲨的灭亡还存在一定的争议，虽然有科学家坚持这种150万年前的动物已经灭绝，但也有人认为，巨齿鲨并没有像恐龙那样富有戏剧色彩的灭绝。近年来随着人们对巨齿鲨的关注程度不断上升，有关它们从未灭绝的话题也引起了人们的热议。
早在2013年，就有一艘渔船在南非附近受到了不明生物的袭击，由于破坏程度较大，所以人们一度怀疑是幸存的巨齿鲨所为。
原本科学家们推测，这种程度的损坏很有可能是鲸鱼这一类体型巨大的生物导致。但是由于鲸鱼很少主动攻击人类的渔船，加上它们也更容易被人们察觉，因此这种猜测很快就被否定了。
有观点认为，巨齿鲨的攻击性完全不亚于霸王龙，即便它们在过去受到严重的威胁，也不会轻易走向灭亡。只是由于海洋面积广阔，人类的探索范围和能力有限，所以至今没能得到准确的结论。
有生物学家推测，如果巨齿鲨存在的话，很有可能已经出现了一定程度的进化，它们的种群不再占据巨大的生存优势，只是偶尔出来“兴风作浪”。
截至目前，科学家们仍没能找到当时造成渔船毁坏以及人员伤亡的罪魁祸首，巨齿鲨也只是其中的一个猜测。
对人类来说，海洋同样意味着无限可能，或许随着科学技术的不断进步，我们在未来有望得到更多的线索，寻找一些可能幸存的远古生物也将拥有更多技术支持。大自然无比神奇，生物就是在这样的环境中不断进化，巨齿鲨也许就隐藏在海洋中的某个角落，一切谜团都等待人类前去揭开。
