区别主要体现在种植土地、品种、施肥以及营养成分上。
1、首先，有机黄小米和普通黄小米的种植土地不同。
有机黄小米在有机土地上种植，是小米中的精品，从土地到餐桌全程无污染控制。而普通小米在任意什么样的土地都能种植，而且普通小米在生长过程中会使用化学农药来提高产量。
2、其次，有机黄小米和普通黄小米在施肥方面不同。
有机小米选用农民家里世代沿续下来经严格筛选的古老品种，经绿色基地种植全部施用农家肥，传统工艺加工，保留了黄小米本身的营养成份。而普通黄小米会喷打农药或杀虫剂。
3、此外，有机小米蛋白质含量高达16.9%，蛋氨酸含量是大米的2.2倍，维生素B1含量比小麦高23.5%，比玉米高80.8%，铁的含量也比较高。同时，含有人体不可缺少的18种氨酸，而且有机硒、脂肪、矿物质等含量都高于普通小米。
