孔氏主要有五支来源：
第一支出自子姓，为春秋时宋国上卿正考父之子孔父嘉的后代。正考父是宋国始君宋微子启的后裔，历仕戴公（公元前799-前766年在位）、武公（公元前765—前748年在位）、宣公（公元前747-前729年在位）三朝，皆为上卿。其子名嘉，字孔父，于宋穆公（公元前728-前720年在位）时担仨大司马。
穆公临死前曾嘱咐孔父嘉辅佐宋宣公之子与夷继位，而把自己的儿子公子冯送往郑国。与夷即宋殇公（公元前719—前711年在位），他疑心公予冯欲夺其君位，便命孔父嘉率军进攻郑国。
后来，孔父嘉被公子冯的好友，宋戴公的孙子华督所杀。其子木金父时正年幼，由家人携逃鲁国，成年后便以其父的字为氏。孔子便是木金父的六世孙。
第二支出自姬姓。周武王灭纣后，将商都周围地区和殷民七族分封给康叔，建立卫国。春秋时卫国有孔氏，名臣孔悝即为其后。
第三支出自妫姓，为春秋时陈国的孔氏，与陈国国君同族，世为大夫，孔宁即是。
第四支相传为商代始祖契的后代。契是古帝喾的儿子，传说他的母亲简狄因吞玄鸟（燕）卵而生契，赐于子姓，商王成汤名履，字太乙，他的后代用“子”加“乙”，以后便有孔氏。
第五支出自姒姓，相传为夏朝第十四王孔甲的后代。
孔氏望族出自鲁郡。西汉初年（公元前206年），将秦朝原有的薛郡改为鲁国。三国魏及晋代改为鲁郡。相当于今山东省曲阜、泗水一带。《百家姓•笺注》误为“鲁国郡”或“东鲁郡”。
