《斛珠夫人》讲述了九州大陆上的大徵王朝朝堂与后宫当中，帝旭、权臣方诸和奇女子海市三人，面对纷繁复杂的权利斗争，坚定守护和平的故事。
在大徵沉重珠税的压迫下，渔民不得已绞杀亲子，使鲛人落泪换取鲛珠，因此遭遇险丧命的叶海市，又经历父亲亡故村落遭屠的悲剧。
生死攸关之际，她得到途经此地的大徵权臣方诸相救，被方诸带回天启拜方诸为师，改名方海市并以男装示人，履立战功守护大徵和平，功绩不断。
方海市在与方诸经年的相处中产生情愫，而方诸却因对大徵和皇帝帝旭的守护使命无法回应。而后，方诸为保护海市被迫拆穿其女子身份，将其送到帝旭身边，并引发一系列纠葛。
