一、制作原理不同
原子章属于现代高科技产品。它是将印油储存在印章内芯里，再把内芯做出印面型状，每次盖印印油从内芯渗出，不必每次盖印都要在印台上打上印油，提高了办公生产的效率。
橡胶章又称胶章，指利用滴塑工艺，在模具中滴入液体材料，经一段时间的加热、烘烤、冷却，最后倒模制成的塑胶产品。
二、主要用途不同
原子印章字迹清晰，印油均匀、鲜艳；其防伪性强，不易为一般工具制作；原子印章是印章、印油混为一体，使用方便，盖印快捷，故被列为我国推广使用新产品，政府行文规定各机关、团体、工厂、企业必须统一使用原子印章。
橡胶章既容易发生磨损，也容易被磕碰掉，由于材料具有热胀冷缩的特性而易产生误差。
三、材质特性不同
原子印章亦称万次印章，印面是利用具有微孔结构的海绵体特殊材料制成，浸印油后常浸润在印柄内芯，原子印章印面略低于外框。
橡胶印章内部结构均匀，无吸水性，其易老化程度介于原子印章与塑料印章之间，由于橡胶质地柔软，弹性较大，盖印压力大小和衬垫物软硬对它们印文形态、外径影响也较大。
